2000年代
2001年日本联赛杯决胜
2000年
磐田山叶首次夺得日本超级杯，但球队在分心亚洲冠军球会杯赛事下，未能在日职联取得佳绩。虽然能再次晋身亚洲冠军球会杯决赛，但在加时赛不敌希拉尔，只能夺得亚军。而王牌球员名波浩在9月重返球队。
2001年
球队重拾正轨，先夺得首阶段联赛冠军，并分别晋身亚洲冠军球会杯及联赛杯决赛。可惜，球队虽然连续三年晋身亚洲冠军球会杯决赛，但这年仍是在加时赛战败，屈居水原三星蓝翼之下，未能成为亚洲冠军。在联赛杯决赛，不敌横滨水手未能夺冠。球队亦只能在次阶段联赛夺得亚军，使球队要再次与鹿岛鹿角争夺总冠军，最终，在总决赛次回合，战至加时下被鹿岛鹿角击败，屈居亚军。
2002年
高原直泰从阿根廷球会小保加返回母会磐田喜悦，名波浩亦全面康复下，球队越战越勇，先后夺得首次阶段联赛冠军，令日职联史上，首次无须进行总决赛来决定全年总冠军。高原直泰亦成为中山雅史之后，球队第二位同时夺得日职联神射手及最有价值球员。
2002年世界杯参赛球员
日本国家足球队：中山雅史、福西崇史、服部年宏
2003年开幕战烟火
2003年
高原直泰前往德国发展，球队并提升了青年球员成冈翔、大井健太郎、菊地直哉，可是中山雅史及名波浩受伤患困扰，球队不得不重用2001年亚洲最佳年青球员前田辽一及河村崇大为首的一众年青攻击球员，可惜首阶段联赛只能屈居亚军。季中，藤田俊哉亦前往荷兰发展，磐田山叶未能重拾王者之风，在次阶段联赛最后一周，被同是争夺冠军资格及首阶段联赛冠军的横滨水手在最后一分钟反胜，白白为对手送上次阶段联赛冠军，亦造就了横滨水手成为第二队无须进行总决赛而夺得全年总冠军。虽然如此，磐田山叶却在天皇杯越战越勇，最后击败大阪樱花，首次夺得天皇杯。球队成立10周年，终于成为其中一队能夺取日本三大杯赛冠军的球队。
2004年
球队仍要分心亚洲冠军联赛，使球队只能夺得首阶段亚军。虽然再次晋身天皇杯决赛，却不敌日乙球队东京绿茵，屈居亚军。这年，球队开始步入调整期。
2005年
球队决定大重建，重新聘请前日本奥运代表队领队山本昌邦回巢执教，并进行了大型收购球员行动，从千叶市原签入村井慎二、茶野隆行两位日本代表，把川口能活从丹麦球会洛斯查兰特带回来，京都不死鸟购入前南韩国脚崔龙洙。然而，球队只能在联赛排名第六。罗拔古伦被选为日职联最佳新人。
2006年
球队成绩不振，季中将领队山本昌邦辞退，改聘磐田黄金时代的巴西籍后卫艾迪逊执教，改以紧密联防及快速反击打法。球队最终排名提升至第5位。
2006年世界杯参赛球员
韩国国家足球队：金珍圭
日本国家足球队：川口能活、福西崇史
2007年
球队成绩持续不振，将艾迪逊辞退，从教练团中提升内山笃兼任一队及预备队领队，并招揽前领队柳下正明为总教练。但球队最终亦只成为中游球队。
2008年
球队再次进行重建，签下日本代表驹野友一及前日本青年队代表万代宏树力图争取联赛佳绩。可是，球队表现未有因而得益，并每况越下。直到7月，从法国球会史特拉斯堡签下前巴西青年代表队队长洛迪高后，才有所改善。8月，内山笃被辞退，球队重召汉斯救亡。虽然全队表现确有改善，但球队仍要在升降级争夺战后才能护级成功。
王牌球员名波浩在年末决定引退。
2009年
球队改以柳下正明为领队，并从东京绿茵签入前日本奥运足球代表队成员那须大亮。而主力成员河村崇大及田中诚则离队。季初成绩不振，逼使球队不得不引入南韩射手李根镐，球队成绩得以改善。虽然联赛只能排名第11位，但前田辽一成了球队第三位日职联神射手。
年末，长年效力球队的铃木秀人和中山雅史被通知不获续约。
2010年日本联赛杯决赛